כאשר מדובר במערכת האקולוגית הטבעית באקווריום, אנו מתמודדים עם עוצמה מדהימה של יצורים ומגוון מדהים של מינים. בעוד כך, מכיוון שהאקווריום הטבע נוצר תוך התחשבות במגבלות המרחב, יש לנו מגבלה בכמות הצמחים והדגים שאנו יכולים להשתמש בהם. מכיוון זה, סוגים מסוימים של צמחים מים, אזורי השתילה שלהם, סוגים וכמויות של דגים מהווים מרכיב חשוב מאוד בשמירה על האקווריום הטבע. הבעיה המרכזית היא גידול אצות לא רצויות. האצות מתפשטות בתוך האקווריום על עלים של צמחי המים או על פני השטח של עצי הסחף והאבנים. למעבר לכך שהאצות מכניעות את יופיו של האקווריום, הן גורמות גם לקשיים רבים בצמיחה של צמחי המים. באקווריום הטבע, צמחי המים מושתים בצורה מתאימה שתאפשר להם לקלוט את החומרים המזינים במים בכמות רצויה, ולכן, מספר הדגים מוגבל לממדי האקווריום ולנפח של צמחי המים.
