היבט נוסף שמראה לנו הטבע הוא המושג מערכת אקולוגית. מערכת אקולוגית זו היא מערכת היחסים של הצמחים, בעלי חיים ואיכות הסביבה, אשר קיימים בטבע. לכל בעלי חיים בקונספט מערכת אקולוגית יש תפקיד חשוב. התפקידים העיקריים של המערכת האקולוגית מותאמים לצמחיי מים מתוקים, דגים ובקטריות .החלקים של המערכת האקולוגית, המיוחסים ליצרנים הם אלה, אשר כתוצאה מפוטוסינתזה מייצרים כלורופיל .בדרך כלל סוג זה מתאים לצמחי מים. בתהליך הפוטוסינתזה צמחים גדלים וחמצן במים מבודד. דגים ויצורים משתמשים בחמצן לנשימה. הצרכנים הם בעיקר בעלי חיים שאוכלים צמחים ובעלי חיים אחרים. למרות שזה מתאים לסוג של דגים, בעלי האקווריום חייבים לספק להם מזון. ממירים (פירוק חומרים אורגניים) הם בקטריות כגון חיידקים ופטריות. באקווריום ישנם סוגים שונים של בקטריות. הם שומרים על איכות טובה של המים, על ידי פירוק של צואת דגים, מזון שלא נאכל, כמו כן גם מספקים חומרים מזינים בשביל צמחי המים. חשוב לשמור על איזון בין הצמחים, הדגים ובקטריות..
